Nel linguaggio comune i termini microbiota e microbioma si confondono, ma in microbiologia indicano concetti distinti. Microbiota è la collezione dei microrganismi vivi (batteri, archea, virus, funghi) presenti in un habitat specifico – per esempio il tratto gastro-intestinale – e risponde alla domanda «chi c’è?». Microbioma abbraccia invece il microbiota più il suo patrimonio genetico, i metaboliti prodotti e le condizioni ambientali: descrive quindi «che cosa possono fare» quei microbi. Questa distinzione guida la scelta delle tecniche di analisi: studi tassonomici (16S rRNA) per descrivere la composizione; approcci omici (metagenomica, metatranscrittomica, metabolomica) per indagare funzioni e pathway biochimici.
